قەیرانی 2D و بەڵێنی هەڵپەسێردراوی 3D
بە درێژایی مێژووی پاتۆلۆجی، ئێمە پشت بە سلایدی شووشەیی دوو ڕەهەندی (2D) بە ئەستوورایی 4 مایکرۆن بەستووە. بەم شێوازە، ئێمە بە کردەوە زۆربەی زۆری زانیارییە پێکهاتەییەکانی ناو بایۆپسی (Biopsy) بەفیڕۆ دەدەین و لەدەستی دەدەین.
لەم دواییانەدا، تەکنیکەکانی “پاتۆلۆجی سێ ڕەهەندی” (3D Pathology) دەستیان بە دەرکەوتن کردووە کە ڕێگامان پێدەدەن نموونەکە بە تەواوی و بە ساغی (Intact) سکان بکەین بەبێ بڕین، ئەمەش دیدێکی سێ ڕەهەندی و گشتگیرمان پێدەبەخشێت بۆ ئەندازەی شانە.
بیرۆکەکە لە ڕووی تیۆرییەوە سەرسوڕهێنەرە، بەڵام تووشی واقیعێکی پراکتیکی بێ هیوا بوو: لە نموونەکانی وەک پرۆستات، ڕژێنە شێرپەنجەییەکان بە شێوەیەکی ئاڵۆز لەگەڵ ڕژێنە بێ زیانەکاندا تێکەڵ دەبن. کێ کاتی هەیە بە وردی، چین بە چین، ناوەندی شێرپەنجە لەناو قەبارەیەکی گەورەی سێ ڕەهەندیدا بکێشێت و دیاری بکات (Annotate)؟
دیاریکردنی دەستی لێرەدا پرۆسەیەکی خاو، ماندووکەر، و کەم وردییە (Coarse).
لێرەدا توێژینەوە نوێیەکە کە لە گۆڤاری Modern Pathology بڵاوکراوەتەوە دێت بۆ چارەسەرکردنی ئەم گرێیە لە ڕێگەی ئەلگۆریتمێکی بلیمەتەوە کە ناوی SIGHT لێنراوە.
تەکنیکی SIGHT چییە؟ (سیحر لەگەڵ زانستدا یەکدەگرێتەوە)
کورتکراوەی SIGHT واتە (Synthetic Immunolabeling for Generative Heatmaps of Tumor).
بە سادەیی، توێژەران سیستەمێکی ژیری دەستکردیان پەرەپێداوە کە تەکنیکەکانی ڕەنگکردنی گریمانەیی (virtual staining) و وێنەگرتنی سێ ڕەهەندی تێکەڵ دەکات.
لە جیاتی ماندووکردنی پزیشک بە گەڕان بەدوای شێرپەنجەدا بە دەستی، ئەلگۆریتمەکە قەبارەی H&E سێ ڕەهەندی دەگۆڕێت بۆ وێنەیەکی دیجیتاڵی فرە-فلۆرێسێنسی بەرگری سێ ڕەهەندی (Multiplexed 3D Immunofluorescence).
سیستەمەکە شانەکە بە شێوەیەکی گریمانەیی بە دوو نیشانەی Cytokeratin ڕەنگ دەکات کە بە وردی جیاوازی دەکەن لە نێوان ڕژێنە بێ زیانەکان و شێرپەنجەییەکان لە پرۆستاتدا.
ئەنجامەکە؟ “نەخشەیەکی گەرمی” (Heatmap) سێ ڕەهەندی ڕوون و شیکارکراو. ناوەندی شێرپەنجە بە واتای وشە لەبەردەمتدا لە ناو شانەی ساغدا گەشاوە دەبێتەوە، بەبێ ئەوەی یەک دڵۆپ کارلێکەری کیمیایی بەکاربهێنرێت.
ژمارەکان قسە دەکەن: ئایا ئەلگۆریتمەکە بەسە بۆ وردبینی؟
توێژەران تەنها بە بەرهەمهێنانی وێنەی سەرنجڕاکێشی بینراو نەوەستان، بەڵکو سیستەمەکەیان خستە ژێر تاقیکردنەوەیەکی سەختەوە لە دژی لیژنەیەک لە پزیشکانی پاتۆلۆجی پسپۆڕ لە کۆئەندامی میزەڕۆ (GU Pathologists).
ڕێژەی ڕێککەوتنی نێوان پزیشکانی پسپۆڕ خۆیان (Inter-pathologist agreement): نمرەی F1 Score ی 0.90 بەدەستهێنا.
وردبینی ئەلگۆریتمی SIGHT: 0.88 ی بەدەستهێنا.
ئەمە واتای ئەوەیە کە سیستەمەکە تەنها ورمەکە دیاری ناکات، بەڵکو بە وردییەک ئەوە دەکات کە نزیکە لە کۆدەنگیی پسپۆڕانی مرۆڤ. سەختترین بەشی پرۆسەکە بە سەرکەوتنێکی سەرسوڕهێنەر ئۆتۆماتیک کراوە.
بەکارهێنانی کلینیکی: بۆچی ئەمە بەڕاستی گرنگە بۆمان؟
وێنا بکە کە مەترسی گەڕانەوەی نەخۆشی (Recurrence Risk) بۆ نەخۆشێکی شێرپەنجەی پرۆستات هەڵدەسەنگێنیت بە پشتبەستن بە شێوەی مۆرفۆلۆجی بایۆپسییەکە.
توێژینەوەکە خاڵێکی سەرەکی سەلماند کە هاوکێشەکانی گۆڕی:
کاتێک توێژەران هەوڵیاندا مەترسی گەڕانەوە پێشبینی بکەن بە بەکارهێنانی تایبەتمەندییە گشتییەکانی شانە لە قەبارەکەدا (بەبێ جیاکردنەوەی وردی ورمەکە)، ئاماژەی مەترسی (Hazard Ratio) 0.92 بوو (واتە بەبێ بەهای پێشبینیکردنی ڕاستەقینە).
بەڵام، کاتێک ئەلگۆریتمی SIGHT یان بەکارهێنا بۆ جیاکردنەوە و دیاریکردنی “ناوچەکانی شێرپەنجە” بە وردی، و ئەنجامدانی شیکاری قەبارەیی (Volumetric Analysis) تەنها لەسەر ئەم ناوچانە، ئاماژەی مەترسییەکە بازیدا بۆ 3.57!
ئەمە لە ڕووی کلینیکییەوە چی دەگەیەنێت؟
واتای ئەوەیە کە وردبینیی دیاریکردنی نایاب کە لەلایەن ژیری دەستکردەوە دابینکراوە، داتاکانی سێ ڕەهەندی بە کردەوە توانای پێشبینیکردنی یەکلاکەرەوەی پێبەخشیوە کە کێ نەخۆشییەکەی بۆ دەگەڕێتەوە و کێ چاک دەبێتەوە. سیستەمەکە گۆڕانکارییە پێکهاتەییە وردەکان (Microarchitectural) دەبینێت کە پێش گەڕانەوەی کلینیکی دەکەون و مەحاڵە بە وردی ببینرێن یان حیساب بکرێن لە سلایدە 2D ییە باوەکاندا.
پوختە: پارچە ونبووەکەی مەتەڵەکە
وێنەگرتنی سێ ڕەهەندی شانەکان هەمیشە وەک ئۆتۆمبێلێکی سوپەر بووە بەبێ سوکان؛ ئێمە داتای زۆرمان هەیە بەڵام ئاراستەکردنی و دەرهێنانی سوودمەند لێی بە دەستی قورسە.
پڕۆژەی SIGHT نوێنەرایەتی سوکانەکە دەکات. ئەمە دەیسەلمێنێت کە تێکەڵکردنی ڕەنگکردنی گریمانەیی لەگەڵ پاتۆلۆجی سێ ڕەهەندیدا تەنها خۆشییەکی ئەکادیمی نییە، بەڵکو ئەو ئامرازەیە کە شیکردنەوەی بایۆپسییە تەواوەکان دەکاتە شتێکی گونجاو بۆ ڕۆتینی ڕۆژانەمان.
سنوورەکانی نێوان پاتۆلۆجیی توێکاریی باو و شیکاریی ئۆتۆماتیکی کاڵ دەبنەوە، و شاشەکانمان نزیکە زیرەکتر… و ڕووناکتر ببنەوە!
